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Philipp Engel
Version du 30 septembre 2014, mise à jour le 2 mai 2022
Philipp Engel, professeur associé
depuis le 1er août 2019
Biologiste et spécialiste de la recherche sur le microbiome, Philipp Engel s'intéresse tout particulièrement à l'écologie et à l'évolution de la flore de l'intestin. Il utilise comme modèle l'abeille qui, avec les dix à vingt espèces de bactéries que renferme sa flore intestinale, représente un système simple pour l'étude de la symbiose hôte-microbe. Il a été nommé professeur associé au Département de microbiologie fondamentale de l'UNIL dès le 1er août 2019.
Né en 1981 et de nationalité allemande, Philipp Engel étudie la biologie moléculaire et l’informatique à l’Université de Bâle. Entre 2006 et fin 2010, il effectue sa thèse puis une année de postdoctorat au Département d’infectiologie du Biozentrum de Bâle, sous la direction du Pr Christoph Dehio. Grâce à une approche multidisciplinaire associant le séquençage du génome, la génomique comparative et la biologie expérimentale, le jeune chercheur identifie des facteurs génétiques contribuant à l’adaptation des pathogènes à leurs hôtes. De même, la génétique combinée à la biologie structurelle, la biochimie et la bioinformatique lui permettent de découvrir un mécanisme conservé au cours de l’évolution et responsable de l’interaction de la bactérie Bartonella avec son hôte. En 2011, il obtient un financement du FNS et une bourse de l’Organisation européenne de biologie moléculaire (EMBO), lui offrant la possibilité de rejoindre le laboratoire de la Pre Nancy Moran au Département d’écologie et de biologie de l’évolution à l’Université de Yale (États-Unis). C’est là qu’il commence à travailler sur le microbiote intestinal de l’abeille. En effet, ne possédant que dix à vingt espèces de bactéries dans sa flore, l’abeille représente un système simple pour l’étude de la symbiose des écosystèmes intestinaux. À l’aide de la génomique et d’une approche fonctionnelle, le scientifique met en lumière le rôle des bactéries de l’intestin dans le maintien de la santé des abeilles. Ses découvertes sont considérées comme extrêmement importantes dans le domaine des interactions microbiote-hôte.
En janvier 2014, Philipp Engel remporte une bourse Ambizione du FNS qui lui permet de fonder son propre groupe au sein du Département de microbiologie fondamentale de l’UNIL. Il est nommé professeur assistant en prétitularisation conditionnelle en octobre 2014, puis professeur associé dès le 1er août 2019. Il est en outre directeur adjoint du Pôle de recherche national "Microbiomes", lancé en 2020 et dirigé par l’UNIL, en collaboration avec l’EPFZ.
Depuis son arrivée à l’UNIL, Philipp Engel poursuit ses recherches sur les interactions microbiote-hôte chez l’abeille à l’aide d’une approche interdisciplinaire, combinant des outils expérimentaux et computationnels, et le long de trois axes principaux. Le premier axe de recherche consiste à déterminer l’impact du microbiote intestinal des abeilles sur trois éléments-clés de leur santé: la nutrition, le comportement et la résistance aux pathogènes. Pour cela, le scientifique utilise des abeilles dénuées de leur flore intestinale et les «transplante» avec des communautés microbiennes cultivées. Le scientifique cherche également à caractériser les gènes et facteurs bactériens importants pour la symbiose des bactéries avec l’intestin de l’hôte. En effet, un léger déséquilibre dans ces interactions peut entraîner des maladies. Il se penche sur le rôle de la bactérie Frischella perrara, qu’il a identifiée comme étant à l’origine de certains changements dans l’intestin de l’abeille. Enfin, le chercheur étudie la manière dont le microbiote intestinal évolue et se diversifie. Pour ce faire, il compare les variations génomiques entre les communautés microbiennes intestinales issues d’espèces d’abeilles différentes. Cette recherche, à la croisée entre biologie, bioinformatique, génomique et évolution, permet non seulement d’élucider les facteurs influençant le déclin actuel des populations d’abeilles, mais aussi de mieux comprendre le fonctionnement du microbiote humain, puisqu’il ressemble en beaucoup de points à celui de l’abeille.
Philipp Engel a publié dans de nombreuses revues scientifiques prestigieuses, comme Nature Communications, ISME Journal, Current Biology, Elife, PLoS Biology, PNAS, Nature, PLoS Genetics ou encore Nature Genetics.
Son travail a été récompensé par plusieurs prix, notamment le Prix Amerbach de l’Université de Bâle (2012). Il a également obtenu un «Young investigator grant» octroyé par l’organisation Frontière humaine (2016) et un «ERC starting grant» du Conseil européen de la recherche (2017).
Philipp Engel est par ailleurs très impliqué dans l’enseignement: il a organisé et donné des cours de microbiologie et d’infectiologie. Il a aussi enseigné la biologie de l’évolution et l’écologie à l’Université de Yale. Depuis son arrivée à Lausanne en 2014, il est responsable des modules sur l’écologie des microbes et la signalisation.
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